1件以上記事（下書きを含む）があるテーマは削除できません。
テーマ編集画面よりテーマ名を変更するか、削除したいテーマが設定されている記事のテーマを変更して、記事がない状態にしてください。

削除の□のチェックボタンが表示されない場合は、上記の通り設定が残っていることが考えられます。